هناك عدد من المزايا التي يتصف بها نظام المقررات ، منها :

1) تتجه الخطة الدراسية لنظام المقررات نحو الأخذ بمنحى التكامل الرأسي بين المقررات، من خلال تقديم مقررات يكافئ الواحد منها
مقررين 
أو أكثر من المقررات المجزأة التي يدرسها الطالب حالياً حسب النظام القائم وبالتالي التقليل من عدد المقررات التي يدرسها الطالب.
2) تقليل حالات الرسوب والتعثر في الدراسة ، وما يترتب عليهما من مشكلات نفسية واجتماعية واقتصادية ؛ إذ يتيح النظام الفرصة
أمام الطالب الذي يرسب في مقرر أو أكثر أن يختار غيره ، أو أن يعيد دراسته في فصل لاحق ، دون أن يعيد سنة دراسية كاملة . 
مما يقلل من الهدر التربوي و يزيد من كفاءة التعليم.
3) الاهتمام بالجانب التطبيقي المهاري من خلال تقديم مقررات مهارية ضمن البرنامج المشترك في الخطة مع مراعاة خصائص 
الجنسين.
4) إتاحة الفرصة للطالب ليختار بعض المقررات التي يرغب في دراستها، في ضوء محددات وتعليمات تراعي رغباته وقدراته، 
والإمكانات المتاحة.
5) يمكن للطالب تسريع تخرجه وفق قدراته (يمكنه التخرج في سنتين ونصف) .
6) تقليل العبء الكمي عن المعلم ويقابله تحسن نوعي في الأداء التعليمي والتربوي.
7) إعطاء مزيد من الأدوار الجديدة للمدرسة الثانوية ومزيد من الصلاحيات لمديري المدارس والوكلاء المرشدين والمعلمين.
8) يمكن معادلة بعض المقررات الدراسية بالاختبارات الدولية والشهادات والأجازات العالمية في القرآن الكريم واللغة الإنجليزية 
والحاسب الآلي مما يوفر الجهد والوقت لطلاب المرحلة الثانوية وفق الضوابط المعتمدة.